Reformację w Gdańsku zwykle widzi się jako jeden front: protestanci przeciw Rzymowi. Rzeczywistość była bardziej skomplikowana, bo zwycięski obóz protestancki niemal natychmiast pękł od środka. Ledwie luteranizm utrwalił się jako wiara miasta, do Gdańska przyszła druga reformacja — kalwinizm, czyli wyznanie ewangelicko-reformowane. Przez następne stulecie dwie protestanckie odmiany tej samej rewolucji spierały się ze sobą, a orężem nie były już topory, lecz kazania, katedry uniwersyteckie i królewskie dekrety.
Pierwsi kalwiniści dotarli tu jako uchodźcy, nie z gotowym manifestem. Po 1562 roku na przedmieściach Gdańska osiedli uciekinierzy z Niderlandów — wypędzeni przez hiszpańskie prześladowania, szukający portu, w którym wolno było wierzyć inaczej.1 W latach 1570–1580 ich duchowym opiekunem był Peter Jansen z Delft. Przybywali bez rozgłosu, osiadali na obrzeżach, prowadzili interesy. Przynosili przy tym teologię, która w jednym zasadniczym punkcie kłóciła się z luterańską ortodoksją miasta — w sporze o to, czym jest Wieczerza Pańska i jak Chrystus jest w niej obecny.
✦ ✦ ✦Rada Miejska Gdańska, strażniczka luterańskiej ortodoksji, zareagowała szybko. W 1573 roku wydała dekret, który nazwał kalwinizm „sektą” i zakazał jego propagowania.1 Na papierze sprawa była zamknięta, w praktyce dopiero się zaczynała. Kalwinizm nie szukał bowiem ulicy ani pospólstwa, lecz docierał do kupców, rajców, sędziów i profesorów. Stawał się wiarą elit — dyskretną i wpływową. Im głośniej Rada potępiała, tym pewniej zakorzeniał się tam, gdzie zapadały decyzje.
Najskuteczniejszym narzędziem reformowanych okazała się szkoła. Od 1578 roku działał w Gdańsku Jakub Fabricius, a od 1580 roku był rektorem Gdańskiego Gimnazjum Akademickiego, najważniejszej uczelni miasta.1 Przez prawie pół wieku formował umysły gdańskiej młodzieży w duchu reformowanym. Fabricius rozumiał, że nie trzeba zdobywać miasta zbrojnie, skoro wychowuje się jego przyszłych rajców i pastorów. Spór przeniósł się więc do sal wykładowych, a tam przewagę mieli kalwiniści.
✦ ✦ ✦Apogeum przyszło w 1605 roku. Kalwiniści osiągnęli wtedy szczyt wpływów, kontrolując cztery gdańskie kościoły — świętego Bartłomieja, świętego Piotra i Pawła, świętej Elżbiety oraz świętej Trójcy.1 W kościołach, które przejmowali, usuwali obrazy, ołtarze i wizerunki świętych — bo reformowana teologia była wobec sztuki sakralnej znacznie surowsza niż luterańska. (Dla luteranina obraz w kościele był dopuszczalny; dla kalwinisty graniczył z bałwochwalstwem — i ta różnica raniła zwykłych wiernych mocniej niż uczone spory o Eucharystię.) Luteranom odbierano świątynie, w których modlili się ich ojcowie. Przestała to być wyłącznie teologiczna polemika, a stała się walką o miejsca i o pamięć miasta.
Wtedy luteranie sięgnęli po sojusznika, którego kalwiniści nie mogli pokonać żadnym kazaniem — po króla. W sporze toczącym się w latach 1605–1612 luterańska ortodoksja zyskała wsparcie Zygmunta III Wazy. Władca gorliwie katolicki w starciu dwóch protestantyzmów wolał wesprzeć ten liczniejszy i bardziej skłonny do ugody.
✦ ✦ ✦Rozstrzygnięcie przyniósł dokument. Dekret królewski z 1612 roku zagwarantował dostęp do urzędów miejskich wyłącznie luteranom i katolikom, kładąc kres ekspansji kalwinizmu.2 Reformowani nie zniknęli — pozostali zamożni i obecni w radzie oraz sądach. Około 1630 roku stanowili wciąż 9,1% mieszkańców Gdańska, czyli blisko pięć tysięcy siedemset osób.1 Ich pochód został jednak zatrzymany, a z miasta, które niemal zdobyli, zepchnięto ich do roli tolerowanej mniejszości odsuniętej od władzy.
Ostatni akt rozegrał się w 1651 roku. Ugoda zawarta pod patronatem króla Jana Kazimierza ograniczyła liczbę kalwińskich zborów w Gdańsku do dwóch — kościoła świętej Elżbiety dla Starego Miasta i kościoła świętych Piotra i Pawła dla Głównego Miasta.1 Z czterech kościołów zostały dwa. Druga reformacja zakończyła się więc nie klęską ani zwycięstwem, lecz kompromisem, w którym obie strony pozostały w mieście, choć żadna nie zapanowała nad nim w pełni. Przez następne dwa stulecia luteranie i reformowani żyli w Gdańsku obok siebie, aż w 1817 roku pruska unia kościelna połączyła oba nurty protestantyzmu. Sporu, którego nie rozstrzygnął żaden dekret, dokończył czas.